Os documentos encontram-se organizados em séries e subséries que refletem as funções e atividades desempenhadas pelo Departamento de Administração e Planejamento em Saúde.
A partir do estudo da estrutura, da correspondência e da análise dos documentos, foram estabelecidas as seguintes séries: Administração Geral; Eventos; Ensino; e Políticas Públicas em Saúde.

Série Administração Geral:
Formada por documentos referentes às atividades de administração do Departamento, bem como daquelas resultantes de suas relações com outras instâncias político-administrativas. A série está organizada em três subséries: Organização e Funcionamento; Pessoal e Orçamento e Finanças.

Série Eventos:
Constituída de documentos de trabalho e discussão, folders, textos apresentados em congressos, conferências, encontros, reuniões, simpósios, e seminários versando sobre os seguintes assuntos: saúde pública, medicina, reforma sanitária, e recursos humanos para a saúde.

Série Ensino:
Constam nesta série programas, textos, relatórios de avaliação, mapas de controle de aulas, quadros de horários, normas de mensuração e eficiência, e relação de alunos dos cursos de pós-graduação, aperfeiçoamento e os regionalizados de saúde pública. A série compõe-se das subséries a seguir: Cursos de Pós-Graduação Lato Sensu; Cursos de Pós-Graduação; Strictu Sensu; Cursos de Aperfeiçoamento e Cursos Básicos Regionalizados de Saúde Pública.

Série Políticas Públicas em Saúde:
Esta série recebeu uma organização diferenciada por reunir em sua quase totalidade, documentos produzidos por outras instituições e acumulados pelo Departamento de Administração e Planejamento em Saúde. Assim, a documentação reunida foi dividida em eixos temáticos, a saber: Materno-Infantil, OPAS/OMS, Educação Sanitária, Medicina Social, Convênios, Projetos e Programas, Vigilância Sanitária, Ações Integradas de Saúde, Epidemiologia, Nutrição, Saúde Mental. Tais eixos temáticos são compostos por textos, dados estatísticos, planejamentos, pesquisas, e documentos para grupos de trabalho.